自此，巫妖两族的势力逐渐发展壮大，由巫妖两族共同统治洪荒世界的时代来临了。
随着十二祖巫势力不断壮大，三清的道统和治权受到了挑战，在三界的地位受到了威胁。因为三清虽然是盘古元气所化，但十二祖巫也是盘古的经脉所生。既然三清和十二祖巫均为盘古化生，谁是盘古正统却是一件值得争议的事情。因为同为盘古苗裔，十二祖巫似乎也有权利证得混元圣人，也有权利享受开天辟地的三大不世之功。
为了打压巫族，三清开始偏袒妖族。三清声称尊鸿钧法旨，让妖族管天，巫族管地。扶东皇太一为天帝至尊，号称天皇，掌立天条，执掌乾坤。大妖帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏等各司周天星斗、日月更替、布云行雨等驱使天运之职。商羊、陆吾（开明兽）、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟等洪荒十二妖神凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
因为混元圣人的垂爱，受天承运，从此妖族便成了三界正统。
尽管巫族强悍无匹，吞噬天地，填山移海，也只好甘拜妖族的下风。
因为三清惯着妖族，所以妖族便做出很逆天的事情来。
最让巫族难以忍受的是，东皇十子无视天条，十大金乌齐出，携手游历太古洪荒，致使大地焦灼，生灵涂炭。大巫夸父大怒，遂行逐日之事，不料遭到十大金乌群殴而被诛杀。夸父被诛，大巫后羿发飙，秘术造箭射杀九只金乌。妖族巨擘纷纷出手，把后羿杀死。
夸父、后羿惨死，十大祖巫（此时共工与祝融在不周山已经陨落），以及蚩尤、九凤、刑天、相柳、于儿、禺虢等洪荒大巫一同杀上太古洪荒天庭。
一场旷古绝今的巫妖大战拉开了大幕，其惨烈程度空前绝后。
大战到了最后关头，双方拼死绝杀，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。经此一役，巫妖两族两败俱伤，均死伤十之八九。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。后来，蚩尤打开神魔之井，开辟出魔界。幸存下来的巫妖很难再洪荒中存身，都纷纷溜进了魔界。
巫妖大战后，东皇太一陨落，天庭无主，三清推举鸿钧身边童子昊天为天庭玉帝、童女王回为天庭王母。
因为三清与十二祖巫争夺盘古正统传人，三清借妖族打压巫族而引发的巫妖大战。最终导致巫妖两族败亡衰落，自此，巫妖两族统治洪荒的时代宣告结束。
第三次无量量劫：
巫妖两族统治洪荒的时代宣告结束，趁此主要天敌消亡的历史契机，原来作为巫妖两族圈养畜生的人类开始了蓬勃的发展和壮大，洪荒进入了人类统治的时代。
人族兴旺壮大后，经过涿鹿之战，轩辕为人皇，一统洪荒。自此，三皇治世，五帝定伦的人类统治世界的时代开始了。
为了教化人族，六大天道圣人除女娲因妖教在巫妖大战后败落而沉寂外，三清和二灵都在弘扬教法，明确教宗。太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教都勃然大兴。接引道人如来佛祖和准提道人菩提老祖创立立西方教，培育度人佛陀。这些教派无非是满足人族羡慕巫妖的彪悍、幻想成仙成神的心理，他们的教义虽然多端，但本质都是围绕着仙道和神道这两条主线展开的。
在道统和治权的角逐中，天道圣人之间发生了不可调和的矛盾，阐教教主元始天尊借仙道和神道分流、商朝和周朝两朝更替之际，发动的一场消灭异教势力大战，史称封神之战。
封神之战过后，天地间的散仙基本上全都上了封神榜。通天教主掌管的截教覆灭，太上老君掌管的人教和二灵掌管的西方教被阐教架空，从此鸿钧玄门三教（人教、阐教、截教）共存的场面已经一去不再复返，昆仑山元始天尊掌管的阐教一家独大成为盘古正统、玄门正宗。元始天尊凭封神榜、打神鞭又将昊天玉帝架空，全面掌管了天庭一切统治权。
以上就是历史上三次无量量劫的大致情况。陆压道君说的似乎是有道理的，大量的史料和传说都证明几次无量量劫的起因基本都是因为天道圣人们道统和治权之争而引发的惨绝环宇的战争浩劫，也就是说几次无量量劫都是圣人和强人们重新洗牌的结果。因而才有了“天地不仁，以万物为刍狗；圣人不仁，以百姓为刍狗”之说。而今，这些天道圣人却说，因为陆压偷吸了太阳的精火，致使地球上生灵的人格缺陷而导致了一次次几乎灭绝生灵的劫难。
到底孰是孰非，这已经超出了朔阳的分辨能力，这些历史钩沉就连天道圣人们终日撕逼都撕捋不清的问题，他朔阳与其因为想这些问题弄得一个头两个大，还不如与自己体内的陆压道君套套近乎，好使他高抬贵手，不要弑魂夺体。
于是，朔阳语气轻柔地说：“陆压道君前辈，据我所知，历次无量量劫都是三清和二灵惹的事，他们却把责任嫁祸于您，可见他们用心何其毒也，简直是孰可忍是不可忍！”
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