但是正如皇帝所言，对待鼠疫最好的办法还是隔绝传染源，而不是对病人进行救助。虽然吴有性等人冒着生命危险进入了发生疙瘩病的村子，但是他们并没有找到治疗这种病症的方法。
他们只能从幸存者口中收集到这样一些资料，病人先是急起寒战、高热、头痛、乏力等症状，然后是腹股沟、腋下、颈部及颌下长出一块块的疙瘩，然后便是开始吐血，接着便是在三-五天内死去，只有极少数人能够挺过来。
当村子里的人开始有半数染上疙瘩病之后，又会出现一种新的病症，原本好好的人突然开始发烧，然后胸痛、咳嗽、咳痰，痰由少量迅速转为大量鲜红色血痰。得了这样病症的人，三日内必死，几乎没有人生存下来。
吴有性率领的小组，在付出了三分之一的死亡率之后，总算是对于鼠疫的症状和传染有了一个基本的了解。而这些知识虽然不能用来治疗鼠疫，但是却给防治鼠疫提供了理论基础，让承担防疫工作的军民稍稍有了一些底气。
当然，原本还不为人所知的鼠疫在这样大规模的宣传下，也是引起了边境地区百姓的不少恐慌。比如，当这些百姓了解到，鼠疫最先是通过老鼠身上的跳蚤进行传播，特别是旱獭和黄鼠的皮毛上面依旧存留着这些跳蚤时，便纷纷自发的组建了护村队，禁止皮毛商人进入自家村子。有一些性情激烈的，甚至直接放火烧毁了商队中携带的皮毛。这使得关内外的百姓、商人及蒙古部族的关系陡然紧张了起来。
而一些爆发了鼠疫的村子，一些病人家属对于防疫人员焚烧病人的尸体和住所，感到极为愤怒，认为这是亵渎了死者，他们或是阻止防疫人员焚烧，或是公然声称要对这些防疫人员进行报复。
幸亏朝廷安排了喇嘛到处宣扬，焚烧那些非正常死亡的尸体和衣物是为了保护活人的善行，方才没有造成这些蒙古部族对于防疫人员的激烈冲突。
不过到了九、十月份，鼠疫的传播陡然加快了，显然这种寒冷的天气更适宜疾病的传播，而这些年朝廷对于漠南草原的开发，也使得过去人口稀疏的草原地区变得人口密集了起来，加上商队的往来，导致关内外人口流动加快。
仅仅是这一个冬天，居住在土默特川的察哈尔部和汉人移民就死亡了九千多人。就连吴有性也染上了疙瘩病，一度以为要告别人世了。
不过随着西北防疫处不断总结防疫经验，到了十一月份时，鼠疫的传播终于被遏制在了丰镇以西地区。
吴有性及防疫小组的成员们总结出来三不原则，以隔绝鼠疫的传播。并开始意识到高度酒精、肥皂等卫生用品可以杀死细菌，而防护服、胶鞋、胶皮手套、棉花口套、眼镜可以隔离跳蚤及病菌的侵入。
为了更好的隔绝跳蚤，防疫处的成员们开始剃掉了头发，这甚至带动了西北军民剃发躲疫病的热潮。这场发源自河套地区的鼠疫，极大的促进了肥皂等卫生用品的的流行，更是让橡胶的价格上涨了30%。
同时，西北防疫处还制定了一系列关于公共卫生、传染病流行病防治、医学教育、医药管理、传染病检疫等方面的制度，为大明的现代医学体系奠定了基础。
当然，西北防疫处为此付出的代价也是极为沉重的，包括北京医学院在内的成员，加上从北方各省招募的300多位大夫，到了崇祯十年底已经损失了近四分之一的人员。虽然有不少人因此而打了退堂鼓，但是却有着更多的大夫和医学生赶赴了西北，加入了这场和瘟神搏斗的战场。
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