恐慌的市民在躲避着丧尸的攻击。
安布雷拉公司在浣熊市建立了生化隔离区，并且派遣了雇佣兵协助当地警察组织进行镇压丧尸的行动，可惜丧尸数量的发展超出了安布雷拉公司的预想。
安布雷拉公司提前转移了自己财产，公司的顶级雇员和研究资料。
可惜天不如人愿，T病毒的重要研究者查理斯的女儿安吉拉在被接走的路上遇到了车祸，后来困在了学校。
艾丽斯从医院出来之后遇到了瓦伦婷和她的警察朋友，还有记者泰瑞。
查理斯想找到自己的女儿，于是就通过电脑监控市区的监控希望有生还者可以救出他的女儿作为报答他将告诉他们离开浣熊市的方法。
碰巧在监控中发现了艾丽斯一行人，并通过路边公共电话取得了联系。
艾丽斯4人一行在寻找安吉拉的过程中遇到了复仇女神，也就是变异的马特，受电脑控制的复仇女神开始了追杀艾丽斯的行动，这是一次力量与速度的对决，电影片段相当精彩。
可惜没有分出胜负，艾丽斯逃脱了。瓦伦婷和泰瑞，途中遇到了L。j，在学校找到了安吉拉艾丽斯摆脱了复仇女神也回到了学校并且与另一组前来救援安吉拉的雇佣兵卡洛斯会合。查理斯告诉了他们离开浣熊市的方法，就是夺到最后一架离开浣熊市的飞机。
艾丽斯和她的同伴轻松的制服了看守飞机的雇佣兵。
正当她们想要离开的时候，复仇女神和安布雷拉公司的人来了。
安布雷拉公司的浣熊市指挥官很欣赏艾丽斯的进化，希望艾丽斯和他一起离开并进行进一步的研究，于是给了一次艾丽斯与复仇女神对决的机会。
速度与力量的对决再次开始，艾丽斯击败了复仇女神，当被要求杀掉复仇女神的时候，艾丽斯不忍心而拒绝了。
指挥官很惋惜，于是命令复仇女神杀死艾丽斯。
复仇女神此时已恢复了马特的记忆，并没有按照指挥官的要求干掉艾丽斯，而是帮助艾丽斯杀掉雇佣兵。
在与一架直升机的对抗中，复仇女神选择了死亡。
艾丽斯一行人成功的登上飞机。指挥官希望不要杀了自己。艾丽斯却说了一句“我是不会杀了你的但那将是一个开始。”
说完她将指挥官推下了飞机，成群的僵尸涌上楼顶，指挥官从地上捡到一把满弹夹沙漠之鹰对成群而来的丧失群开枪，开完7枪之后，绝望的他准备自杀，当他按下扣板的时候才发现没有子弹了，最后被咬死，成为了丧尸。
飞机离开浣熊市的时候，安布雷拉公司的核弹正飞往浣熊市，准备摧毁丧尸之城，掩盖安布雷拉公司研究T病毒的事实。
核弹爆炸的冲击波波及到了飞机，艾丽斯为了保护安吉拉，身受重伤，其他人成功逃离。
2小时之后安布雷拉公司在郊区找到了飞机残骸，并把艾丽斯带回实验室，成功的恢复了艾丽斯体力、智力、记忆和能力。
这时的艾丽斯已经拥有了超自然的能力了。卡洛斯等人成功混进安布雷拉基地并把艾丽斯带了出去。
安布雷拉公司以为能够控制病毒的扩散。但是他们错了，浣熊市的命运只是一个启示。
几个星期后，病毒扩散到整个北美，几个月后占据了整个世界。
病毒不仅吞噬了人类文明，而且河流、湖泊干涸森林变成了沙漠，地球毁灭只是一个时间问题。
克莱尔组建了一只护卫队，这只护卫队不停的广播无线电希望有人来找他们，以获得保护。
由于艾丽斯之前有过一次上当受骗的经历，就没有去找这只护卫队。
活下来的人类在沙漠上漂泊着，到处寻找食物和汽油，安布雷拉公司的各国总部都躲在地底之下，继续着他们的研究。
科研小组组长埃塞克博士，向各国总部报告，即使在没有食物的情况下，地面丧尸至少还可以存活几十年。
他发现艾丽斯的血液中的抗体不仅可以对抗T病毒，更有可能逆转病毒的效果，最后达到驯化丧尸的效果。
但是由于缺少艾丽斯的母体实验变得很困难，埃塞克博士不得不用克隆基因模型将她复制过程费力，而且结果很难预测。
地面上，卡莱尔的护卫队在公路旁边的沙漠找到了一所房子，并想在此度过一个晚上。
L。J和卡洛斯进去确认安全L。J被2只丧尸袭击，并被咬伤，及时赶到的卡洛斯救了他。
卡洛斯并没发现此时L。J已感染病毒。当天入夜之后，艾丽斯睡觉做梦的时候，身体发出了α和β能量射线。
突然身边的石头和摩托车悬浮了起来，恶梦惊醒，石头和车都从空中坠落了下来，摩托车被摔坏了。
没有了车，艾丽斯只好去找护卫队。
α和β能量射线被二代人工智能计算机探测到了，并向博士报告了情况。
第二天早上护卫队周围出现了鸟，由于长期吃感染病毒的肉它们也被感染了。
由于鸟的数量过多，它们冲破了巴士的前窗玻璃，人们四处逃窜。
有人跑上车顶用火焰枪烧鸟，可是，侧面袭来的鸟将他扑到，火焰枪也随之转动。
火焰将要烧到站在旁边的卡洛斯的时候，艾丽斯赶到了，利用自己的超能力把火焰喷向了天空，烧尽了袭击护卫队的鸟。
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