王比安强忍住关闭文档的冲动，将鼠标点上进度条，向下飞快的拉动，突然，他顿住了手，屏幕上跳出了密密麻麻的字。五年级小女生蔡佳妍，一反常态，写下了一大篇又一大篇的日记，末日日记，潜艇基地遭到丧尸袭击、心怀歹意的幸存者攻击的末日日记！
王比安一目十行地扫过日记的内容：蔡佳妍听妈妈说基地里有大量的叔叔阿姨生病，基地里医疗设备不足，向地方政府求助，可没到，地方的医院里也是人满为患。
爸爸将自己从学校里带了回来，因为学校里有同学乱咬人。
然后，丧尸出现了，打不死，被咬了也同样会变成丧尸。
墙头镇请求部队协助对抗丧尸，基地在内部乱成一团的情况下，还是派出了一队战士去协助地方政府，战士们救回了大量的老百姓。不仅仅是墙头镇，更多的其他乡镇的老百姓逃到了基地来。
吃的东西越来越少。
基地里的潜艇突然出动了，还带走了大批战士，谁也不知道他们去了哪里。老百姓说，当兵的丢下他们只顾自己逃生了，这真是胡说八道，我爸爸和妈妈都没走。我也问过爸爸，这样多叔叔开着潜艇去了哪里？爸爸抚摸着我的头说，那些叔叔冒死去执行一个非常非常危险的任务了，基地如今乱成一团，他作为副总工程师花了好大力气才将几艘潜艇完成养护，调配齐远航的物资。
我不知道除了杀丧尸，还有什么样的任务会“非常非常危险”，但爸爸说，那些叔叔将和最强大的敌人进行一场战争。战争吗？基地早就在打仗了吧？围墙外有越来越多的丧尸出现，每天都有人受伤，但现在大家都知道了，受伤的人也会变成丧尸，有的受伤的叔叔阿姨自杀了，但更多的人被直接打死。
－－蔡佳妍用大量的篇幅记录了基地和丧尸的战争。
有一段时间，丧尸和基地之间的战线稳定了下来，一盘散沙的丧尸在战士们熟悉了丧尸的弱点后，面对自动兵器，它们无法突破围墙。而当避难的老百姓中出现了不受丧尸攻击的异能者后，他们从围墙外带回了大量物资，甚至连一度紧张的食品危机也缓解了不少。小女孩蔡佳妍没什么好抱怨的，她还活着，更重要的是，相比其他的同学，她的爸爸妈妈还在她的身边保护她。
但是，有一天，基地突然爆发出一阵激烈的枪声，但那枪声，并不是从围墙处传来，而是从基地内部暴发的！
爸爸匆匆跑回来家里，他说基地里的部分老百姓突然暴乱，在异能者带领下攻打弹药库。起因是基地的医务人员怀疑异能者身上带着免疫细胞，决定暗中对几个异能者身体展开研究，希望能研发出有效的疫苗，然而在做相关试验时，一个异能者不幸死在了手术台上。风声走漏，异能者认为这是军方要对自己下手，就带着忠诚于他们的老百姓抢夺弹药，想反出基地。
爸爸说，现在基地里乱成了一团，曾经患难与共的军人和老百姓互相开枪，更有人趁乱到处抢夺物资，他回家来保护妻子和女儿。看着从来不拿枪的爸爸笨拙的摆弄着一把轻机枪，蔡佳妍吓坏了。
枪声很快在家属宿舍区里爆发出来，蔡佳妍和妈妈躲在卫生间里，听着外面爸爸守在门口，不断用机枪向暴徒扫射着。
这场冲突，最后以基地的军人胜利宣告结束，异能者们虽然最后丧心病狂地打开基地大门，放进了大量丧尸，但毕竟他们事发匆忙，没有完善的布置，败在训练有素、弹药充足的战士手里并不奇怪。
这场暴乱结束后，基地内就如何处置没有参与暴乱的异能者和老百姓暴发了激烈的争执，有不少战士认为异能者不可信任，他们其实是丧尸的另一种变异形态，就算不把他们全部杀死，也该驱逐出去。但也有战士认为，异能者能成为最好的助手，而军人本就以保护百姓为职责，不能把老百姓赶出去。
蔡佳妍一家没有参与这场争论，因为，她的爸爸受伤了。
身为副总工程师的爸爸，与其说是个军人，更不如说是个工人，他和机床打交道的时间远远超过和枪支打交道的时间，他虽然用机枪威慑住了企图洗劫军属宿舍的暴徒，可自己却也身中两枪。身为医生的妈妈明白，她救不了爸爸，而爸爸，也会变成丧尸。
可是，爸爸不能就这样死，妈妈夺下了爸爸用来自杀的手枪，也没有打死他，而是，把爸爸藏了起来－－妈妈对蔡佳妍说，无论爸爸是人还是丧尸，他永远是她的爸爸。
蔡佳妍曾经悄悄去看过被妈妈藏起来的爸爸，妈妈省下自己的口粮偷偷喂给已经变成丧尸的爸爸吃，丧尸爸爸已经认不出蔡佳妍了，它抬着头向蔡佳妍乱叫，可蔡佳妍相信，总有一天，爸爸会治好病的，等他病好了，他依然是那个喜欢用胡子扎自己脸蛋的好爸爸。
基地里的日子越来越难过，因为除了丧尸，他们又新增了两种敌人－－智尸和异能者，他们轮番攻击着基地，智尸想吃掉所有的战士，消灭这个顽强打击丧尸的堡垒，而异能者则想抢夺弹药库的武器，实现自己在末世做土皇帝和野心。他们甚至隐隐联起手来，攻打基地，异能者不知道从哪里弄来了一辆坦克，差一点就攻破了大门。
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