胡国胜让岛津忠恒对萨摩藩和九州各地的武士和足轻，进行一番整编，所有部队全部打乱编制，统一整编为萨摩敢死军。
这里的萨摩藩和九州各地大名的组成的九州联军，经过几个月的鏖战，最后剩下的只有不到两万人了，但都是萨摩和九州各藩最后的精锐。
萨摩藩的统一整编，其实也就算是吞并了九州各藩最后的精锐。虽然武士们还保留着对各自家主的效忠。但目前的形势是，占据九州联军大多数的足轻，都是谁给我饭团，我就跟着谁混。
足轻的心思很简单，他们身处异地鏖战了几个月，好容易从死人堆里爬出来，远东的强大，早就把他们震撼得五体投地，萨摩藩代表的是远东的意志，他们当然知道，这个时候只有依靠远东的力量，才能最后活着回到九州岛。
九州各地的其他藩主，也不敢有丝毫的反抗，只能听任萨摩将自己手下的足轻相继吞并。好在此次整编，并不包括九州各地藩主的家族武士。
新编的萨摩敢死军，分为两个旅团，与远东新训的敢死军旅团共同组建了敢死军九州师团，总编制为两万多人。
九州师团的师团长，由岛津忠恒担任。但是三个副师团长都是远东新训敢死军的骨干担任。而且师团的各个小队、中队、大队、联队的主官，全部由远东新训旅团抽调的干部、士官担任，副手则是由萨摩藩的武士担任。
九州师团整编结束后，就在播磨南部沿海的远东南部军团的基地里，进行了为期十天的集训。得到了远东的大规模补给，九州师团也迅速的恢复了战斗力，随时都可以战斗。
远东的突然介入，使得原本山穷水尽的九州联军起死回生，并依靠强大的火力，击溃了幕府联军的主力。虽然仅仅击毙了不到万人，但是对德川幕府、九州叛军和各地大名心理上的打击，却是极为致命的。
从播磨南部沿海逃回去幕府联军，无论是武士还是足轻，短期内已经基本丧失了战斗力，士气非常的低迷，甚至出现了大批足轻逃跑的事情发生。德川幕府联军也大肆收缩防线，退到了交战之初的地域，此次倒幕战争彷佛又回到了原点。
幕府联军放弃了大部分防线，却加强了大阪和京都防御，几乎倾尽了所有的精锐，在大阪和京都附近大量建筑土木工事，企图依靠坚固的工事，阻挡远东的进攻。
几个月的消耗战，幕府军和九州联军的兵力都损耗了不少。兵力不足的双方，只好用钱雇佣了很多的流浪武士，还招募了大批在战争中失去家园的平民，把他们训练成临时足轻。
尤其是德川幕府军，在战争的初期，大批幕府控制区的平民被赶上了战场，成千上万的消耗在幕府军的防线上。这也是幕府能熬过战争初期的主要原因。
这一次因为远东的出现，德川幕府和一些日本大名再一次强行征召了大批平民，让他们在前线修筑土木工事，还组织了起来，发给他们竹枪，让他们充当幕府联军的炮灰。
德川幕府这一次也算是豁出去了，拿出了大批的钱粮，在日本各地雇佣了大批的流浪武士，组建了很多全部由武士组成的精英武士队，加强幕府联军的战斗力。即便远东再强大，他们也不能眼睁睁的看着德川家的基业，毁在他们这一代人的手上。
远东的突然介入，也让日本很多大名改变了以往的策略。他们开始支持萨摩藩，到后来当墙头草，坐视萨摩岛津家和德川幕府大肆战斗，都有着自己的个人目的。
他们趁着双方鏖战的这段期间，大肆征兵加强军备，征伐附近的小藩大名，扩大自己的地盘，然后坐等双方拼的精疲力竭好坐收渔利。不管到时候谁胜谁败，都会实力大损，此消彼长之下，他们就有了与胜利者谈判的资格。
可是如今形势就不同了，远东出兵介入了这次倒幕战争，还一战击溃了幕府联军。各个大名派去的忍者，都把当时的情景原原本本的报告给了他们，强大的舰队和凶悍的火力，让日本所有的大名藩主都胆战心惊。
如果萨摩在远东的源源不断的支持下，灭了幕府联军，最后让萨摩藩岛津家问鼎了天下，那并不是他们希望看到的。毕竟如今德川家光等幕府高层全军覆没，实力早已大不如前，就算战胜了萨摩藩，也只能安抚各地大名藩主，不会出现之前德川幕府一家独大的态势。
所以日本各地的大名和藩主，都希望幕府联军能挡住萨摩藩和他身后强大的远东。为此各地大名藩主，不惜派出了精锐前往京都和大阪前线，还强征了无数平民，并支援了大批粮食等物资，一起送到了前线，不遗余力的支持幕府联军，加强德川家的实力。
在不到一个月的时间里，幕府联军竟然在大阪和京都地区集结了二十余万部队，并修建了大批坚固的土木工事，整个防线层层叠叠的砦寨连成了一片，无数从日本各地强征来的平民，没日没夜的在防线上忙碌。
在九州师团进行整编和简单的集训期间，远东日本战区司令部南部军团，又向第二支队派来了支援部队。支援部队是由健儿率领的远东军两个老牌的敢死军联队，也一起并入了九州师团，加强了南部军团第二支队的实力。
与之同来的还有大批的炮兵、工兵、辎重等战斗后勤支援分队，空军部还派来一个飞艇大队、一个装备了十二架三角翼飞机的飞行中队，对第二支队进行全方位的空中支援。
南部军团第二支队的任务非常关键，在远东日本战役司令部完成对九州岛控制之前，第二支队将打着萨摩藩岛津家的旗号，将幕府联军的主力牵制在大阪和京都地区。
海军部也将在这段时间，派出大批舰船彻底封锁濑户内海、关门海峡，割裂九州岛和本州岛、四国岛的联系，远东日本战役司令部，将汇聚东部军团、西部军团和南部军团第一支队的主力，登陆九州岛，在最短的时间内扫荡九州岛的所有大名藩主以及其武士阶层。
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