盖亚奥特曼所在的世界里，炼金之星总部。
我梦找到了这里，丹尼尔给他查看着之前所有过的战斗记录。
金属生命体阿帕苔，阿帕苔，来自宇宙的金属生命体。身体的形状可自由变化，从飞行形态变成了模仿盖亚奥特曼的人型形态，进而使身体分裂成8根巨大的长矛状，可以进行丰富多彩的攻击。在人型形态中，右手可以变为长剑，肩膀和腰部也可以出现防具。通过广播卫星的电波捕捉到了新闻节目中播放关于盖亚的信息，向着发信地东京进发。
以飞行形态进入大气圈内，突破了GUARD欧洲警戒网，在中东沙漠上空**IG的战斗机拦截，不久后以盖亚的数据基础变化为拟人型将XIG的两架战斗机击落，高山我梦变身为盖亚·奥特曼登场应战。起初阿帕苔在和盖亚的格斗战中并不占优势，被盖亚压制，而后运用了自身变幻自如的攻击折磨盖亚，使盖亚渐渐体力不支落入下风，在受到盖亚量子流线的攻击一度受挫倒下，而后重新站起即将给予盖亚致命一击时被突然出现的阿古茹·奥特曼使用光子粉碎机消灭。
超空间波动怪兽美扎德，来历不明的超空间波动生命体。在根源的破灭招来体对地球展开行动之后，对人类抱有某种莫名的兴趣的美扎德种族，也朝着人类袭击而来。美扎德先是变化为和海蜇相似的形象，突然在414-C3地区的临海都市中心城市地带出现，利用崩坏物质分子的方式将周围的建筑全部破坏，导致临海城市大面积严重沙漠化；同时，美扎德也利用自己窥视记忆的能力，读取困在沙漠城市中的人们的记忆。
XIG出动迎战美扎德，但由于美扎德的波动生命体特性，XIG闪电队的导弹等攻击都被量子移动躲过，无法命中。高山我梦通过超精密仪器扫描发现了美扎德的真身后，和城南大学实验室展开合作，针对美扎德的能力而制造出了能发射引导波的微波照射装置，将美扎德诱导到了宏观世界中来，所有的存在都集中到了一个点上并实体化。闪电队趁此时对美扎德发动集中的炮火轰炸，将美扎德击落。
然而，被击落的美扎德并未死亡，而是变化为狰狞的怪兽姿态登场作战，轻松击落了闪电队的战斗机。我梦变身为盖亚·奥特曼登场，和美扎德展开战斗。美扎德先后从背部和口中放出时空波光线，更用触手缠绕来放出电流攻击盖亚，一时间压制盖亚；后来在闪电队的火力掩护下，盖亚挣脱束缚，施展必杀技光子冰刀杀死了美扎德，而美扎德被消灭时全身燃起的大火，后来也被盖亚的「盖亚暴风雪」扑灭，事件到此告一段落。
超空间波动怪兽·沙伊哥美扎德，是以前出现的超空间波动怪兽·美扎德同种族的存在，和美扎德一样，而沙伊哥美扎德对人类、尤其是在意识这一方面更是兴趣浓厚，于是利用催眠能力向人类袭来，展开自己的实验。
沙伊哥美扎德先是袭击了美国的一个度假地小镇，利用和手机铃声相似的音波展开催眠，控制了所有的镇居民，并引发居民自相残杀的大暴乱。美国政府介入镇压，并封锁了该地区，沙伊哥美扎德也同时撤走，在一个月后来到日本，又选定了山梨县的城岩温泉乡作为自己新的实验场所。沙伊哥美扎德用老方法控制了温泉乡的居民们，但在实施过程中，发出的音波干扰了正在进行拍摄工作的录像带，将沙伊哥美扎德控制美国度假地居民暴乱时的画面流出，还被少年佐藤隆意外录下，寄到了KCB电视台，引来了外部的关注。
KCB的田端等人来温泉乡采访时，遭到沙伊哥美扎德控制的居民攻击，三人失散，田端在逃亡过程中遇见了先前躲藏起来的少年佐藤隆，了解到了手机催眠的事情。与此同时，XIG侦测到温泉乡发出的怪异电波，高山我梦驾驶EX战斗机赶来调查，发现了遇险的田端和佐藤隆。也在这时，沙伊哥美扎德现出真身并攻击我梦。高山我梦用微波装置照射的诱导波，破解了沙伊哥美扎德的波动生命体状态，并将其击落，但沙伊哥美扎德也在同时变化为战斗用的怪兽姿态。
高山我梦变身为盖亚·奥特曼登场，和沙伊哥美扎德作战。一开始，盖亚能有效地打击沙伊哥美扎德，但沙伊哥美扎德随后便以时空波光线回击盖亚，还利用催眠能力控制的温泉乡居民为人质，让盖亚无法攻击，沙伊哥美扎德更趁此时用电击重创盖亚，占据了上风。吉井玲子情急之下朝沙伊哥美扎德开枪，打断了怪兽对奥特曼的攻击，沙伊哥美扎德用光线攻击吉井玲子，但被藤宫博也变身的阿古茹·奥特曼抵挡。沙伊哥美扎德放开盖亚，转而攻击阿古茹，但反被阿古茹的投技重创，最后被阿古茹的必杀技光子粉碎机消灭。
超空间波动怪兽·沙伊哥美扎德二代，之前出现的沙伊哥美扎德的同类，外貌和沙伊哥美扎德十分相似，最大的特征与不同则在于腹部长有第二张脸。同样地，沙伊哥美扎德二代也是抱着人类的意识的兴趣而来，在通过虫洞来到地球的同时，沙伊哥美扎德二代在空中释放出大量的幻觉诱发粒子，干扰电子仪器的同时也攻击人类的记忆神经，制造出各种幻觉令人类深陷其中、无法自拔。
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