第二天一早，小飞三人便和圣代，小阳，以及小智三人组告别，离开了神奇宝贝学院。先前蜜柑已经答应与小飞小雨同行一段时间。三人一路前进，见到了小翠和原著中的那只妙蛙种子，而考虑到小智的关系，小飞并没有收服那只倔强的妙蛙种子，并且小飞也不喜欢妙蛙种子，所以三人在逗留了一会儿后便告别了小翠，继续前进。途中又遇到了那只被人遗弃的小火龙，小飞想干脆收服好了，但又想到如果这样的话小智就少了一大王牌了，犹豫再三决定还是留给小智吧，不过那个抛弃小火龙的家伙还是得教训一下，于是呢：“喂，那个谁，难道你想抛弃小火龙吗？”小飞问道。“要你管啊小子，小心我揍你。”那个人嚣张的说道。“是嘛，那么来揍我啊！”小飞说道。“挺嚣张啊，那么别怪我不客气了。”那人被小飞的话气昏了头，当即便放出了自己的五只神奇宝贝，出来的是鸭嘴火龙，怪力，大嘴雀，毒刺水母和猫老大。“看起来也不怎么样嘛。”小飞说完也扔出了一个神奇宝贝球，皮卡丘出场。“皮卡丘，全力打雷，解决它们。”小飞下令道。皮卡丘使出了打雷，一道强力雷电劈下，那人的神奇宝贝全倒。“就这种实力还想教训人啊！差劲。”小飞说完便和蜜柑小雨离开了。
三人继续前进着，在一个小镇上遇到了一群杰尼龟在墙上乱涂乱画，三人也懒的管，便继续前进。又走了一段时间，三人来到了海边，“是大海诶！好棒。”小雨说道。三人沿着海边走了许久，来到了正辉灯塔下方，“这里有座灯塔诶，我们进去看看吧。”小雨说完上前敲了敲门，“是谁啊！”灯塔内一个声音响起，“我是真新镇的小飞，她们是蜜柑和小雨，我们想在这里住几天，顺便拜访一下正辉博士。”小飞说道。“这样啊！那么进来吧。”说完门便开了。三人走了进去，只见一只化石盔坐在一张椅子上，“对不起，能不能帮我按一下右手边的按钮呢？”化石盔问道。小飞便上前按下了按钮，化石盔身体被打开，一个绿发青年从中钻了出来。“让你们见笑了，我就是这灯塔的主人正辉。对了，你说你是真新镇的，那你认识大木博士吧？”正辉问道。“对啊我的初始精灵就是在大木博士那领的。”小飞说完还拍了拍肩上的伊布。“那样的话就不能怠慢了，你们在这住多少天都可以。对了，你们谁会做饭？”正辉说道。“让我来吧！”小雨说道。“我也来帮忙好了。”蜜柑说道。接着两女便做饭去了。
海边，“我来说一下训练项目：美娜斯去深海锻炼绝招威力，并利用深海中海的压力锻炼自身的防御力，记住不要勉强自己，你也可以找海里的神奇宝贝对战。皮卡丘训练精神力，烈雀训练速度和攻击力，你们可以这样，皮卡丘用幻象术控制地上的沙子和小石块来攻击烈雀，烈雀就用高速移动进行躲避，也可以用翅膀将其打回去。臭臭花就用草系技能打散海浪吧！大颚蚁和伊布练物攻技能，等下我让小雨的皮可西对你们使出重力场，你们就在重力场下使用近身绝招攻击海边的礁石。小飞说完众宠便散开训练去了。
很快来到了晚上，“正辉博士，你在干什么呢？”小雨见正辉摆弄着一台录音机道。“过几天就知道了。”正辉说道。很快，时间来到了五天后，小智三人组终于告别森林来到了正辉灯塔“小飞，你怎么在这？”看到在海边的小飞小智说道。“你们来啦！我在训练神奇宝贝呢！”小飞说道。“和我来一场神奇宝贝对战吧！小飞。”小智立刻说道。“还是算了吧，我的神奇宝贝还在训练呢！下次吧。”小飞说道。既然你们到了，那么就是说巨大快龙就要出现了，我可不要让伊布他们现在受伤。如此，小智也没说什么。很快到了晚上，正辉博士终于搞定了自己的录音机，并播放出了快龙的声音。不久，一个巨大的身影便来到了小飞他们面前，“现身吧快龙，我知道是你。”小飞喊道。巨大快龙闻言露出了自己的真面目，在场除小飞外的众人都被快龙巨大的身体吓了一跳，快龙也有这么大？“快龙，我想挑战你，不知你意下如何？”小飞说道。“小飞你疯啦！那么大的快龙你怎么会打得过！”小雨说道。“没事，我只是想检验自己的神奇宝贝实力而已。”小飞说道。巨大快龙想了一下便对小飞点了点头，并伸出手示意和他走，小飞便跳到了快龙的手里，跟随着快龙来到离正辉灯塔不远的一处海滩边。“我们也跟上去看看吧！”正辉说道。接着所有人也赶了过去。
“快龙，我们开始吧！”小飞说完放出了美娜斯。可这时一张巨网从天而降，罩住了快龙。“是谁？”小飞立刻喊道。“既然你诚心诚意的发问了。”“我们便大发慈悲的告诉你。”“为了防止世界被破坏。”“为了维护世界的和平。”“贯彻爱与真实的邪恶。”“可爱又迷人的反派角色。”“武藏”“小次郎”“我们是穿梭在银河中的火箭队。”“白洞，白色的明天在等着我们。”“就是这样，喵。”“上，烈雀，用燕返，美娜斯，急冻光线。送他们离开。”小飞放出了烈雀并指挥两宠道。“别想得逞，上阿柏蛇。”武藏道。“你也去吧，瓦斯弹。”小次郎道。阿柏蛇和瓦斯弹刚被放出便被美娜斯的急冻光线冻成了冰块，接着被烈雀的燕返送回到了气球中。这时快龙挣脱了网，大叫一声，一道破坏死光轰出将火箭队三人组击飞了出去。“好讨厌的感觉啊！”火箭队三人组化作流星飞向远方。接着快龙再次大叫一声，用它那巨大的手掌拍断了灯塔。“遭了，在这样下去这里会被快龙毁掉的。大家出来阻止它。”小飞把剩下的大颚蚁，臭臭花，皮卡丘都放了出来。“大家上。蜜柑，带小雨他们离开。”小飞说道。“你自己也要小心。”蜜柑说完带着大家跑开了。
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